選擇結晶器時，要全面考慮許多因素，例如：所處理物系的性質，希望晶體產品的粒度及粒度分布范圍，生產能力的大小，設備費和操作費，等等。可見問題比較復雜，沒有簡單的規則可循，在很大程度上要憑實際經驗。費用和占地大小也是需要考慮的重要因素。一般來說，連續操作的結晶器要比分批操作的經濟些，尤其產率大時事這樣。如果生產速率大于1(t/d),用連續操作較好。蒸發式和真空式結晶器需要相當大的頂部空間，但在同樣產量下，他們所占地面要比冷卻臥式結晶器小得多。
有些簡單的冷卻式結晶器，尤其敞槽式的，造價比較便宜，但冷卻式機械結晶器（例如長槽攪拌式）的造價卻相當高，他們的維修費也相當可觀。另一方面，機械結晶器不需要昂貴的產生真空的設備。冷卻式結晶器的另一缺點是他們的傳熱表面與溶液接觸的一面往往有晶體聚結成晶疤，與冷卻水接觸的一面又容易有水垢沉淀，其結果是既降低冷卻效率又增加除疤除垢的麻煩。這類麻煩問題在蒸發式結晶器中也會遇到。至于真空式結晶器，他們沒有換熱表面，所以沒有這類麻煩，但他們不適用于沸點升高得很多的溶液，例如燒堿溶液的結晶。
